本实验室遵循福建省重点实验室管理办法，坚持“开放、流动、联合”的运行机制和现代实验室管理模式，组建学术委员会，实行实验室主任负责制，下设综合办公室、研究中心（方向研究室）和成果推广部等。

综合办公室：负责日常运行、科研计划、组织实施、监督管理以及对外交流联络等工作。

研究中心（方向研究室）：根据主要研究方向，设立“茶叶种植智慧感知与分析技术”、“茶产业大数据服务平台建设”、“茶机械智能化技术”等3个研究中心（研究室）。

成果推广部：负责组织实施技术引进、成果推广和产业化对接服务等工作。

具体机构和运行模式如下：